São aqueles destacados da carteira de projetos estratégicos da Governadoria. Os projetos especiais serão designados por meio de portaria do Gabinete da Governadoria do Distrito Federal.
O EPE atua para garantir que os projetos especiais estejam alinhados à estratégia de governo e articulados com as demais entidades e órgãos governamentais envolvidos, a fim de que se disponha de informações primárias, íntegras, autênticas e atualizadas sobre estes empreendimentos. Sendo assim, o escritório tem como missão assegurar o alinhamento dos projetos especiais à estratégia de governo e prestar o devido assessoramento, no âmbito de sua competência estabelecida em lei, à Governadoria do Distrito Federal.